火麻仁蛋白是一种优质蛋白，蛋白质的提取和分离主要有以下几个操作过程：材料的选择及预处理、细胞破碎和碎片分离，浓缩、纯化、干燥贮存等。蛋白质受自身结构及环境的影响，很容易失去活性。所以在提取过程中要采用许多常规的步骤，主要有：添加蛋白质稳定剂；优化操作条件；采用新型分离技术。
火麻仁蛋白是一种不均匀的蛋白，有复杂的多晶现象，对构成四级结构有重要作用。11S蛋白组分则比较单一，只发现一种11S球蛋白即麻仁球蛋白，分子量为300-360kDa，它是由6个酸次单元体及6个碱次单元体所组成的非糖蛋白，等电点为6.4。其酸次单元体比碱次单元体中的组氨酸、脯氨酸及肤氨酸含量多；碱次单元体比酸次单元体的疏水性氨基酸含量多。11S蛋白质含较多的赖氨酸和少量的甲硫氨酸（蛋氨酸），疏水性与亲水性的氨基酸比例分别为23.5%和46.7%，与7S蛋白质类似，其四级结构也非常复杂，且构型易受pH值、离子强度、温度等条件的影响，其本身易发生凝集聚合和解离反应。
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